Avant 1996, le contexte socio-politique justifiait l’absence d’une juridiction spécialement dédiée aux questions constitutionnelles.

En effet, en ce qui concerne le contrôle de la constitutionnalité des lois, sous les Constitutions de 1960 et de 1972, les questions relatives à la constitutionnalité des lois et à la régulation du fonctionnement des Institutions relevaient respectivement de la compétence de la Cour fédérale de justice (avec la Constitution de 1960) et de la Cour suprême (avec la Constitution de 1972).

S’agissant des affaires électorales, la mise en place d’une procédure juridictionnelle ne présentait aucun intérêt particulier avant 1990, en raison du système de parti unique. Cependant, depuis l’avènement du multipartisme, les élections pluralistes ont nécessité la participation d’organes chargés de gérer les contentieux électoraux. La compétence pour ces litiges — relatifs aux consultations présidentielles, parlementaires et référendaires — a été confiée au Conseil constitutionnel à la suite de la révision constitutionnelle de 1996.

Cette Haute Institution, organisée par la loi n°2004/004 du 21 avril 2004, telle que modifiée et complétée par la loi n°2012/015 du 21 décembre 2012, a été mise en place par des décrets du 7 février 2018, notamment le décret n°2018/104 portant organisation et fonctionnement de son Secrétariat général, le décret n°2018/105 portant nomination de ses membres, et le décret n°2018/106 portant nomination de son Président.